第二屆、第三屆：陳秀雄
正新橡膠工業(yè)董事長陳秀雄是廈門市首批榮譽市民。在擔任會長期間，他把自己租用的寫字樓騰出來作為協(xié)會辦公處，之后他發(fā)起了廈門臺商會館的集資建設，使之成為大陸首個臺商會館。
第四屆：賴敏聰
華懋集團董事長賴敏聰人稱“賴博士”，他是美國德州大學物理學博士，是歷年來學歷最高的市臺協(xié)會長。在兩岸關系緊張的1998年到2000年，賴敏聰?shù)仍趶B臺商積極奔走，呼吁兩岸“三通”，推動廈金直航。
第五屆：黃鐵榮
2001年“9·8”投洽會，廈門臺商會館落成，時任會長正是黃鐵榮。2001年2月2日，距廈金“小三通”首航恰滿一個月，黃鐵榮與11位臺商協(xié)會會長、理事，從金門乘船直航抵達廈門，實現(xiàn)了臺商、臺胞第一次從臺灣島內經金門前來大陸的“準直航”。
第六屆、第七屆：吳進忠
來明眼鏡（廈門）有限公司董事長吳進忠做了兩屆會長，難怪他會說“把青春獻給廈門”。在擔任會長期間，吳進忠致力于推動兩岸交流，因此成為廈門和金門兩地的榮譽市民。
第八屆、第九屆：曾欽照
多威電子公司董事長曾欽照也做了兩屆會長。在他任上，大陸臺商面臨勞動力成本上升、產業(yè)轉型升級等難題，尤其2008年全球金融危機破壞性極大，他與廈門臺商齊心協(xié)力共渡難關。
第十屆：黃如旭
黃如旭1989年開始在廈門投資，在他擔任會長的3年里，80%的時間都花在協(xié)會事務上。在他任內，臺協(xié)會員企業(yè)增加20%，高達28層的臺商總部大廈動工興建。
第十一屆：陳信仲
“古稀臺商”陳信仲人稱“帥哥董事長”。他任內勤走訪會員企業(yè)，為他們排憂解難，并帶領臺商掘金自貿區(qū)商機。
