為3個軍種建造一架飛機并不是聯(lián)合攻擊戰(zhàn)斗機項目遇到麻煩的唯一方面。五角大樓希望利用“并發(fā)”策略：即在完成地面和飛行測試的同時建造量產飛機，以此來降低成本。他們不管F-35的多數方面仍處在項目開始的研發(fā)早期階段，距離可以整合的成型技術還很遙遠。這些方面包括飛機發(fā)動機和飛行控制系統(tǒng)，以及軟件和自動化后勤系統(tǒng)等。你可以想象發(fā)生了什么。在飛行測試期間，軍方發(fā)現F-35需要進行結構和電子方面的修改。許多飛機已經生產出來，這一事實讓修改的成本變得昂貴得多。

在2003年之后的十年里，聯(lián)合攻擊戰(zhàn)斗機項目遭遇了十幾次重大挫折。這些挫折一個個接踵而來。2004年，F-35B超重2000磅以上，無法達到其性能目標。2006年，美國政府問責局警告說，由于“并行”開發(fā)政策，對系統(tǒng)不能充分發(fā)揮作用或不能運行的飛機進行改造的費用可能非常昂貴。到2013年，投入的改造成本達17億美元。

從2007年起，網絡入侵導致與F-35設計和電子系統(tǒng)有關的幾個TB的數據被盜。這次攻擊和2012年另一起對英國航空航天系統(tǒng)公司（該公司制造F-35的飛行控制軟件、電子戰(zhàn)系統(tǒng)、機身后部及其水平和垂直尾翼）的網絡攻擊迫使項目的軟件、硬件重新設計，從而增加了成本、加劇了延遲。從棘手的頭盔顯示系統(tǒng)，到不合格的彈射座椅和后勤軟件，F-35不斷面臨挑戰(zhàn)。