大會的主要議程有三項：一、討論黨綱草案；二、討論同國民黨建立革命統(tǒng)一戰(zhàn)線問題；三、選舉黨的中央執(zhí)行委員會。
會議的中心議題是討論與國民黨合作、建立革命統(tǒng)一戰(zhàn)線的問題。陳獨秀在報告中，著重說明了中國共產(chǎn)黨決定和國民黨建立革命統(tǒng)一戰(zhàn)線的依據(jù)和過程。代表們就共產(chǎn)黨員以個人身份加入國民黨、建立革命統(tǒng)一戰(zhàn)線的問題進行了熱烈的討論。
經(jīng)過討論，大會接受了共產(chǎn)國際關(guān)于中國共產(chǎn)黨同中國國民黨進行合作的指示，通過了《關(guān)于國民運動及國民黨問題的議決案》、《中國共產(chǎn)黨第三次全國代表大會宣言》等文件。這些文件的中心思想是，黨在現(xiàn)階段“應(yīng)該以國民革命運動為中心工作”，共產(chǎn)黨員以個人身份加入國民黨，采取黨內(nèi)合作的形式，同國民黨建立聯(lián)合戰(zhàn)線，以完成反帝反封建的國民革命的重要任務(wù)。文件還規(guī)定了要保持中國共產(chǎn)黨在政治上的獨立性的一些原則。
大會選舉陳獨秀、蔡和森、李大釗、譚平山、王荷波、毛澤東、朱少連、項英、羅章龍等９人為中央委員，鄧培、張連光、徐梅坤、李漢俊、鄧中夏５人為候補中央委員，由陳獨秀、蔡和森、毛澤東、羅章龍、譚平山（后由于譚調(diào)職，改為王荷波）５人組成中央局，陳獨秀為委員長，毛澤東為秘書，羅章龍擔(dān)任會計，負責(zé)中央日常工作。
黨的三大根據(jù)馬克思列寧主義的策略原則和共產(chǎn)國際的指示，結(jié)合中國革命的具體情況，充分發(fā)揚民主，在分析中國社會矛盾和明確中國革命性質(zhì)的基礎(chǔ)上，正確解決了建黨初期，黨內(nèi)在國共合作問題上存在的重大分歧，統(tǒng)一了全黨的認識，正式確定了共產(chǎn)黨員以個人身份加入國民黨，與國民黨進行黨內(nèi)合作的策略方針，使黨能夠團結(jié)一切可能聯(lián)合的力量，共同完成反帝反封建的民主革命任務(wù)。
黨的三大之后，在中國共產(chǎn)黨的推動下，孫中山先生對國民黨進行了改組，確定了聯(lián)俄、聯(lián)共、扶助農(nóng)工的三大政策，召開了國共合作的國民黨第一次全國代表大會，第一次國共合作正式建立，全國掀起了聲勢浩大、轟轟烈烈的反帝反封建的革命群眾運動，勝利地舉行了北伐戰(zhàn)爭，促進了中國革命的高漲。但是，大會對于無產(chǎn)階級領(lǐng)導(dǎo)權(quán)問題、農(nóng)民問題和軍隊問題沒有給以應(yīng)有的重視。
黨的三大結(jié)束的當(dāng)天，代表們來到黃花崗烈士墓前，在瞿秋白同志的指揮下高唱國際歌。中國共產(chǎn)黨第三次代表大會，就在雄壯有力的國際歌聲中勝利閉幕了。
