互斗起點：深綠為護陳水扁列“11寇”名單 “新系”7人入選
2006年底至2007年初，臺灣地區(qū)前領導人陳水扁執(zhí)政陷入低潮，深綠為了護扁列出“11寇”“立委”名單，包括李文忠、林濁水、洪奇昌、段宜康、沈發(fā)惠、蔡其昌、林樹山、郭正亮、鄭運鵬、羅文嘉和沈富雄，其中“新潮流系”就含7人。深綠認為，這11人因批評黨內而可能在全民調上獲得優(yōu)勢，因此要求初選必須采取“排藍民調”。
隨后深綠將名單送交當時擔任民進黨主席的游錫堃，要求這11人不得參與2008年“立委”選舉，彼時執(zhí)行的黨秘書長就是林佳龍，最后“7寇”或被擠出不分區(qū)“立委”安全名單或區(qū)域“立委”初選落敗，兩派系之間就此種下心結。
矛盾初現(xiàn)：2012年賴清德公開教訓新科議員陳怡珍
賴清德在當選第一任臺南市長后，民進黨“立委”陳亭妃的妹妹陳怡珍也同年當選臺南市議員。2012年陳怡珍在質詢市府官員時卻遭賴清德出言指正，要求其對市府局處首長客氣一點，還說“你姐姐將來也可能當市長，要學會尊重市府局處首長，新科議員問政要多注意”，當時場面相當尷尬。事后三天，雖然賴清德在議會為自己的言語不當公開表達了歉意，但由于陳亭妃屬“正國會”，賴則屬“新潮流系”，故而此番行為還是引發(fā)了外界對雙方矛盾的諸多猜測。
暗流涌動：2014年臺南市議長選舉賴清德疑遭“暗算”
2014年，民進黨在地方選舉大獲全勝，更史無前例的拿下13個縣市，臺南市長賴清德甚至獲得72.9%得票率、連任成功，但議長選舉卻因民進黨議員跑票而讓國民黨市議員李全教意外當選，賴清德因此不得進議會，引發(fā)了嚴重的府會對立不說，甚至遭“監(jiān)察院”彈劾。好在來年8月時，李因賄選被定案“當選無效”，賴這才宣布進入市議會施政報告。
而當時臺南市議長選舉的督導正是屬“正國會”的“立委”陳亭妃，于是黨內開始有“陳亭妃督導不力”的聲音，陳甚至被指為“幕后操盤手”，對此陳亭妃不得不聲淚俱下地喊冤，甚至還為此辭去了中常委的職務，她一邊強調自己絕對沒有愧對民進黨，一邊又表示是議長選情詭譎，才會讓投票過程大亂，甚至天外飛來白板，她也是相當難過痛苦的。
